潘锡恩，安徽泾县人，嘉庆十六年进士，改翰林院庶吉士，十九年散馆授编修，二十地年充会试同考官，二十三年二月大考一等一名，其所写的《澄海楼赋》一文深受嘉庆皇帝的欣赏，被排在御前文章的前列，超擢侍读。七月，提督广西学政。道光二年充日讲起居注官，四年八月大考一等，升侍读学士。道光五年六月署文渊阁直阁事，八月充稽察右翼觉罗学，十月充武乡试副考官，旋命发往江苏以道员用。十二月补淮扬道。六年三月赏三品顶戴，授为副总河。二十二年任南河总河，负责管理江苏境内的水运。
京杭大运河修通后，尤其是明永乐帝定都北京以后，粮食、食盐就源源不断地通过漕运供给京城。在带来运输便利的同时，运河所通过的黄河水域的泥沙治理就成为一个叫朝廷头疼的问题。明万历年间，提出了“束水攻沙”之策，在河道上修堤束窄过水断面，增大流速，借以冲刷泥沙;后又提出“蓄清刷黄”，筑堤提高淮河水位，使清水倒灌到黄河，冲刷黄河带入大运河的泥沙。乾隆年间，因淮河的水位总是低于黄河水位，实行“借黄济运”之策，把黄河水引入运河，抬高水位，使漕船得以前行，这种“饮鸩止渴”之法让淤积不可收拾。后因洪泽湖口无法打开，被迫实行倒塘灌运之法，即在运河汇黄河口门处建御黄坝，在临近淮河口门处建临清堰，在御黄坝与临清堰之间形成塘河。塘河宽大，可容数百只、上千只漕船。在黄河水位较高时，南来船只开临清堰入塘，再闭临清堰。此时车水入塘河，待塘内水位与黄河水位相平时，开御黄坝出船。用土坝来代替船闸功能。塘河每进出一次大约需要八天时间。这种方法虽阻止了泥沙，但是耗时、耗力，潘锡恩就是这一方法的坚定执行者。
一、治黄之策
道光二年十二月，潘锡恩奏陈借黄济运之弊，略言：
蓄清敌黄为相传之成法，大汛将至急堵御黄坝，使黄水全力东趋。今年漕艘早渡，因御黄坝迟堵，以致倒灌停淤，酿成大患，且欲筹减泄，当在下游，乃辄开祥符闸减黄入湖，坝口已灌于下，闸口复灌于上，黄水俱无出路，湖底淤垫极高，若更引黄入运，河道淤满处处壅溢，恐有决口之患。上讳其议。
道光六年黄河的淤积是相当严重的。该年黄河河底要比道光元年高出一丈四五尺，约合4.68米，平均年升高0.92米，倒塘济运制度实行后：“严守上游闸坝，不任旁分，酌用倒塘，不任倒灌，专力攻刷，虽渐较深通，而为效甚迟。”
道光七年五月，上命大学士蒋攸铦等前赴江南察看关孟两滩新旧河工情形。攸铦等寻奏言：锡恩等淆于逢弯取直成法，轻听睢南同知唐文浚两滩并挑之说，决意估办。以旧河宽有百余丈至二百余丈之水欲迫而纳诸宽仅十余丈胶淤之地，不能塌宽转成倒漾。迨折去滩隙之拦黄坝堰，大溜始顺归旧河，见用拨沙船往来疏浚，可望深通，难期速效。锡恩等急于奏功，泥于师古，咎无可辞。锡恩被褫夺顶戴。
道光八年四月，漕运船只一律渡过黄河，既免倒塘灌放之繁，且较常年尤为攒早，得旨嘉奖，赏四品顶戴。九月，以节交霜降，河湖各工普报安澜，赏还三品顶戴。十一月皇帝下谕旨：“南河建立东清御黄等坝，以时启闭，原为宣泄湖水，刷涤见在黄流，并不仅为通漕始行通坝见已。节逾长至，黄水无不减落之理，是否已经畅启御坝，抑或黄水虽减，仍高于清，不能得手，即将见在水势。据实覆奏。”当时顺黄坝外河底仍有继续淤高的趋势，年底潘锡恩偕张井奏言：“从前河底，尚未淤垫至此，然重空粮船经行，已无岁无倒塘之害。今以淤高丈余之黄河，而欲常启御坝，使清水外出刷涤，势实有所不能。至于洪湖之水，以黄河现存水势而计，必蓄至一丈七尺以外，仅能与之相敌，蓄至一丈八九尺，始能畅出。而堰盱两厅石工(当时管理高家堰的机构分两个：一为高堰厅，管理范围为武家墩至高良涧，一为山盱厅，管理范围为高良涧至蒋坝。两厅石工，指高家堰坝体全部石工)风暴堪虞，实不敢冒此大险。前因湖水存至一丈六尺，又值西北风暴，掣塌石工九百余丈，不得已复启智坝，稍资减泄，近始堵合。而欲收蓄一丈八九之大水，以过冬令，其势又必不能。”这时的情况又与乾隆、嘉庆时大不相同，“乾隆年间湖高于河自七八尺及丈余不等，一交夏令折展御坝至一百数十丈，故能大泄清水以刷淤。时及秋冬虑其泄枯，始收蓄湖潴以济运。后因河底渐垫，至嘉庆年间改御坝，均为夏闭秋启，已与旧制相返。嗣后虽亦时启御坝，而黄水偶涨，即行倒灌。今又积垫丈余，纵遇清水能出，亦止高于黄水数寸及尺余，其或暂开即堵，亦仅能免于倒灌，不误漕运而已，殊未能收刷涤之效。”
道光九年正月，偕张井奏言：河身久成中满之病，治之之法止有去其积淤而不能遽奏速效。历查从前治河诸书，无不以束水攻沙为不易之良法，原不专藉清水刷黄。即如御坝以上，直至豫省上南厅有工处长河一千数百里，每年大汛，水之汇入黄河者如伊洛瀍(chan)涧，及武陟丹沁诸河，俱挟沙滞泥，其浊与黄水等，并无清水刷涤，而河身反不致如御坝以下之淤垫，是其显证，但黄河积淤太高，断非三数年所可尽去，见在清水已高黄水尺余，所存水志比上年底水落低二尺许，但得常如见在情形，则逐年以渐加深尚可冀渐复旧制。上训勉之。
二十二年八月，黄河自桃北崔镇汛萧家庄北决口，穿断运河塌，通遥堤，归入六塘河东注。此时，正河自杨工以下业已断流，去清口约有六七十里之远，回空漕船均拦截于宿迁以上，其势不能飞渡。若不设法通融办理，恐误漕船归次之期。潘锡恩上奏朝廷，再次详述灌塘济运之法：臣前任淮扬道时，详请办戽水通船之法，行也十余年，幸运未贻误。今若于中河西口外黄水穿断之处筑箝口坝，添建草闸以为黄水启闭之用，即将杨家坝作拦清堰，以为清水启闭之用，就中河运道为一大塘，道里长则容船众，不过两次启闭，而漕船全数可以渡竣矣。惟黄水先经灌入运河中泓，不免淤澱(淀)，两岸牵堤亦恐有冲缺之处，一面赶紧捞挖，计需帑亦不甚多，如果此时得以设法回空，来年并可依此出重，则见在之萧庄决口不妨从缓堵筑。倘此法仍赶不及，祗有竟用引黄济运之法，其临黄箝口坝草闸仍照式筑作，即引黄水入坝送船，再于沿途多筑对头小坝以逼溜刷深，庶免淤滞之患。及出杨庄汇入清口之水即可牵挽南行，盖南岸不可借黄者，恐其淤湖淤运，所引黄水一出杨庄口仍归旧河，又可用清口之水以刷涤之，应无流弊，并绘图贴说以闻。
道光二十二年十一月，潘锡恩授南河河道总督。当时杨工漫口，户部尚书敬徵等查勘，堵筑开挖引河，接挑长河淤垫工段，估银五百七十万两有奇。上命锡恩抵任，后周历各工逐加履勘，御史雷以诚奏：杨工漫溢，无庸堵合决口，祗须改旧为支，以通运道而节糜费。潘锡恩坚决反对，寻奏：灌口非可行河之地，北岸无可改河之理，请仍堵筑决口，漕船回空仍由中河灌塘。十二月，命刑部侍郎成刚、顺天府府尹李惠前赴工次，会同锡恩督办。
二、治黄的经费管理
道光七年正月，以挑河为全局所系，潘锡恩亲赴河工次催办，一力整饬。又奏河库钱粮各处拨银远近不同，解到亦先后不一，而河库发银皆有争需，不能指款以待。要求于每年四月盘查河库外，年终再查核一年之数，令道厅官员切实具结以专责成，勿庸逐款报部。
黄河上的工程费用让道光帝心疼不已，道光八年下谕曰：河工需费，自道光元年以来每年动需五六百万余两，前此高堰石工及黄河挑工耗费又不下一千余万之多，果使修守得宜，即不应险工新工层见叠出，国家经费有常，断不容以如许帑供此漏卮。锡恩偕张井覆奏，略言：岁修抢修本有定额。另案工程视水之大小、工之平险，原无一定。而拨款则有数可稽，不至漫无限制。臣等年来周历两岸，凡见溜势生湾生险及堤移变迁之处，或酌于土头工尾，筑坝挑溜不任沿堤生扫，或切滩顺势化险为平，此在目前虽似多用，实省后此无穷之费。
以正实收的政策筹集南河经费。二十三年四月，潘锡恩偕成刚等奏：南河捐办，协济工需请量为推广。凡江南河工地方见在候补官员及留工人员，除本员准捐外，如有伯叔兄弟子侄亲戚幕友见值随任者，无论官生俊秀，准其一体报捐。五月，偕漕运总督李湘棻奏：各官生在工报捐请，照嘉庆年间土方旧例收银后，出具正副实收，将正实收给与本员，其副实收汇送户部，由部换照封发。谕：以撙节估计，俾帑项不至虚糜。
道光皇帝对臣子们的失误除了降职外还要求用钱来赔偿。七年三月，因御坝骤难启放，漕船倒塘灌运受到影响，道光下旨：此次兴办大工，不能掣水通漕，关孟两滩挑切胶淤，骤难刷塌，又未豫为筹计，帑金竟成虚掷。潘锡恩着降为四品顶戴，所有倒塘灌放等费即著落该督等按成赔补。十九年时，潘锡恩就曾以河工陪项逾限未完，降六级留任。
三、赈灾、劝捐及办团
道光十一年四月潘锡恩丁母忧。十二年二月服阕，授光禄寺卿，六月升宗人府府丞。时因岁饥，京师五城分设粥厂以济民食。七月，命锡恩等董其事。十三年二月，锡恩经理芦沟桥粥厂。
道光二十八年九月，潘锡恩以宿疾未痊奏请开缺回籍调理，朝廷允之。咸丰三年二月，以粤匪窜扰安徽，命锡恩驰赴太平府一带，办理捐输团练事务。十二月，因捐助军需，下部优叙。四年三月，命偕安徽学政孙铭恩办理宁国、徽州、广德等属防剿事宜。七月，复命会同该府县倡捐办团以助兵力。五年，命办理宁国府粮台。八年，办理皖南防剿事务。前江西巡抚张芾疏劾锡恩劝捐无状，得旨切责，褫锡恩职。同治三年三月，山东巡抚阎敬铭奏：锡恩就养山东，捐备京仓米，折银两为数甚巨。该革员籍隶安徽泾县，叠经兵燹，田庐荡析，勉力输将，洵属深明大义。疏入，赏还原衔。寻命赴安徽庐州府会办劝捐守御事宜。五年锡恩以乾隆嘉庆丁卯科举人例，得重与鹿鸣筵宴。
四、身前身后殊荣
道光六年(1827)伏秋两泛，河湖同时盛涨，情形比较严重，但因各督道厅员弁“加意修守，慎重宣防。自开减坝以后，黄水虽经续涨，未至停积为患，清水畅出回空，军船要稳，遄仰赖昊苍垂佑，河神灵贶，各工一律平稳。”道光帝奏闻后“深欣感著，拨去大藏香十柱，交两江总督琦善、南河河道总督张进、副总河潘锡恩虔赴河神庙代朕敬谨祀，”并着“琦善张井潘锡恩俱著交部议叙，其在工出力人员等择其尤为出力者秉公酌保。”道光二十五年、二十六年、二十八年，皇帝赐亲笔“福”字赐与潘锡恩。道光二十六年，潘锡恩于正月二十日上折《奏谢赏御书“福”字恩由》这样写道：“江南河道总督潘锡恩跪奏：为恭谢天恩，事窃臣斋折差弁回清江浦捧到颁赏御书福字，臣当即跪迎至署，恭设香案，望阙叩头，祗领伏念。臣以鲁钝庸材，领河防重任，鸿慈高厚，报算难期。兹当岁序更新，又荷宠光下贲，焕璇题以羲画，福自天来;瞻璠彩于尧文，恩如山重，仰惟。”清代的方浚师在其所著的《蕉轩随录》中记载有林则徐赠潘锡恩的一副对联：“三策治河书，纬武经文，永作江淮保障;一篇澄海赋，掞天藻地，蔚为华国文章”。潘锡恩生前将其治水心得著书，名为《畿辅水利》，刊行于世。
同治五年(1866)潘锡恩病逝，山东巡抚阎敬铭为其向朝廷请立谥号，并主张将其政绩宣付史馆立传，得旨允行。赐祭葬，谥号“文慎”。皇帝下谕曰：
前任江南河道总督潘锡恩，由翰林院历官中外，荐擢河督，家居已逾十载见在。年登八秩，再遇宾，洵属艺林盛事，著加恩赏加太子少保衔，准其就近在山东重赴鹿鸣筵宴，以示优眷耆臣至意。六年卒。漕运总督张之万奏称：锡恩起家翰林，学问渊懿，于水利尤所究心，著《畿辅水利》刊行于世。任副总河时，就前人戽水通水之法，建议倒塘灌运，漕船得以无阻，行之垂三十年，重运回空，从无贻误。里扬运河复得洪湖清水荡涤，将前受黄河之淤日渐刷深。道光二十三年，再任河督时，河身较前加深丈余。当丰工决口，有议令黄河改道者，锡恩体察情形，反复辨其不可，议乃中止。每年所用钱粮历居比较，递有节省，其所宣防修筑，权其缓急所宜，无冗费，亦无费事，故在任七年无河患，至今清淮士民称颂不衰。恳请予谥，并将政绩宣付史馆立传，得旨允行。寻赐祭葬，予谥文慎。
光绪三年(1877)，为感念前世旧臣，皇帝亲作御制文章，被镌刻于青石碑上。此碑高240厘米，宽105厘米，厚26厘米。碑文共406字，全文为：
朕惟平成奏绩，治首重夫河渠，奠定宣猷，功实隆于柱石。念中勤于既往，懋典宜膺;垂勋业于将来，丰碑式勒。尔原任太子少保江南河道总督潘锡恩：学识渊深、才猷练达，早登翰苑，叠掇巍科。荷殊宠而直讲筵，复持载笔;应御试而膺首选，再拔前茅。承明跻侍从之班，学土擅清华之选，迥翔词馆，荣极儒臣。迨擢监司，旋总河务。疏瀹屡蒙嘉奖，宣防动协机宜。受皇祖特达之知，实始论河一疏;考生平得力之处，犹传治水遗篇。再任宣勤，洪河顺轨，卅年利运，转漕垂勋。屡因事而贬官，复加恩而录用。或官尚食，或领宗卿，或某睢鸠，或冠獬豸，莫不实心实政，惟寅性清。至于引疾归田，尚屡被筹防之诏，衰龄就养，犹上输仓庾之供。躬事四朝，年登八秩。鹿鸣再筵，宠晋宫衔，爵秩频加，荣分后裔，可谓盛矣!乃遐龄方享，奄逝忽闻，用踌扬历之劳，爰厚饰终之典，谥之“文慎”，特示崇褒。于戏!久垂浚导之规，河防是赖，永念老成之绩，国计攸关。宠命聿诏，贞珉同寿。
在清史稿中后人对历任的治黄官员作出了如下的评价：河患至道光朝而愈亟，南河为漕运所累，愈治愈坏。自张文浩蓄清肇祸，高堰决而运道阻。严烺畏首畏尾声，湖河并不能治。张井创议改河，而不敢执咎，迄于无成，灌塘济运，赖以弥缝。麟庆、潘锡恩循其成法，幸无大败而已。吴邦庆请求水利，而治河未有显绩。栗毓美实心实力，卓为当时河臣之冠，不独砖工创法为可纪也。东河自毓美后，朱襄、钟祥、文冲继之，祥符、中牟迭决，东河遂益棘矣。在此对潘锡恩沿袭前人的“灌塘济运”的治黄之策所持的态度是中允的。
直至咸丰年间太平军将江南运河拦腰截断，黄河改道，大运河终于无法贯通，海运逐渐取代了漕运，黄河之患才最终得以解除。
潘锡恩在家乡茂林建了一座私人宅第“河帅第”，如今光绪皇帝所作的《御制碑文》仍静静地立于其间。
